Variants covid-19 : delta, lambda, alpha, beta, gamma, contagiosité, résistance vaccins ?

De nombreux variants du SARS-CoV-2 circulent à travers le monde. Certains sont qualifiés de “variants préoccupants” (VOC) ou de “variants à suivre” (VOI) car leur impact (transmissibilité, contagiosité, échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d’une surveillance particulière et de mesures de gestion spécifiques. D’autres variants restent classés “en cours d’évaluation“, en l’absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France.

À ce jour, cinq variants sont qualifiés de préoccupants en France, en raison de leur transmissibilité augmentée et/ou d’un risque d’échappement à la réponse immunitaire : 

  • Trois d’entre eux, les variants 20I/501Y.V1ou variant Alpha (ayant émergé au Royaume-Uni), 20H/501Y.V2, ou variant Beta (ayant émergé en Afrique du Sud) et 20J/501Y.V3ou variant Gamma (ayant émergé au Brésil), circulent en France depuis le début de l’année 2021.
  • Le quatrième, 20I/484K ou 20I/484Q selon le type de mutation, ayant émergé au Royaume-Uni début 2021.
  • Le variant B.1.617.2 (variant Delta), ayant émergé en Inde en octobre 2020. Il appartient au lignage B.1.617 qui comprends deux autres variants à suivre :  B.1.617.1 (variant Kappa) et B.1.617.3. 

Le variant delta est le plus présent en France métropolitaine (93,8 % des séquences interprétables de l’enquête Flash #16 du 20 juillet en métropole). En Outre-mer, les données de séquençage globales (enquêtes Flash comprises) indiquaient une forte augmentation de Delta à La Réunion, avec une moindre prédominance de Beta, tandis que Gamma restait majoritaire en Guyane. Dans les Antilles, Alpha était toujours dominant, même si la circulation du variant Delta augmentait en Guadeloupe et en Martinique.

D’autres lignages sont aussi détectés de manière sporadique : 

classement variants covid france
Classement des variants établi par Santé publique France au 28/07/2021 © Santé publique France

Que sait-on du variant Delta : contagion, diffusion, dangerosité ?

Le variant Delta (lignage B.1.617) est devenu majoritaire sur le territoire métropolitain : la mutation L452R (portée notamment par le variant Delta), dont l’augmentation semble se stabiliser, était retrouvée dans 91,7 % des prélèvements positifs criblés en semaine 30 (89,0 % en S29). Les données de séquençage confirment que le variant Delta est le variant majoritaire en France métropolitaine depuis la semaine du 5 juillet (semaine 26). Il représentait 98,1% des séquences interprétables de l’enquête Flash #17 du 27 juillet en métropole (vs 95,3% pour Flash #16 le 20 juillet., indique le dernier bilan hebdomadaire de Santé publique France (12 août). 

Il a été identifié pour la première fois à l’automne 2020 dans la région de Nagpur, en Inde. À date, tous les pays d’Europe y sont confrontés. Selon les dernières données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, en Allemagne et à Singapour.

Ce lignage inclut trois sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R : 

  • B.1.617.1 (Kappa, VOI), 
  • B.1.617.2 (Delta, VOC), le plus fréquent en France,  
  • et B.1.617.3.

Quelles différences entre les trois principaux variants indiens ? 

Chacun des variants indiens implique un risque différent, selon le Conseil scientifique (avis du 24 mai 2021) :

  • Le sous-lignage B.1.617.2 (variant Delta), qui ne présente pas la mutation E484Q (contrairement à ce qui avait été initialement annoncé), est le lignage le plus fréquemment détecté en France et en Europe. A noter qu’il comporte également des mutations spécifiques additionnelles pouvant lui conférer un avantage de transmissibilité supérieur aux deux autres lignages (L452R associée à T478K en l’absence de mutation E484Q). Il est classé VOC depuis le 12 mai par l’OMS.
  • Le sous-lignage B.1.617.1, (variant Kappa) qui présente aussi la combinaison des deux mutations, a été détecté en Europe et en France, mais à une fréquence faible en comparaison du lignage B.1.617.2. Parmi les trois virus, c’est celui qui présente la différence antigénique la plus importante par rapport à la souche historique “Wuhan” et donc un risque d’échappement immunitaire. Il est classé VOI. 
  • Le sous-lignage B.1.617.3, qui présente la combinaison des mutations L452R  (pouvant être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus) et E484Q (responsable de l’échappement immunitaire partiel post-infectieux et post-vaccinal) a très peu diffusé en Inde et hors de l’Inde.

Le variant Delta “40 à 60 % plus transmissible” que le variant Alpha

Il est encore difficile de se prononcer sur l’échappement immunitaire (c’est-à-dire qui échappe à la réponse immunitaire induite par une précédente infection ou par un vaccin) lié au variant Delta, mais sa transmissibilité encore plus forte par rapport aux autres variants semble se confirmer.

“Ce variant se caractérise par unecompétitivité accrue par rapport aux autres variants, notamment le variant Alpha. Il est plus transmissible que les virus historiques (environ 2 fois plus) et que les VOC Alpha (environ 40 à 60 % plus transmissible), Beta (environ 60 %) et Gamma (environ 30 %)“, indique Santé publique France dans une analyse de risque parue le 28 juillet. Et d’ajouter : “parmi les facteurs possibles pouvant expliquer cette augmentation de la transmissibilité de Delta, plusieurs sources de données différentes indiquent une augmentation de la charge virale dans le nasopharynx chez les personnes infectées par rapport à Alpha et autres souches virales de référence.”

“Une étude récente menée sur un nombre réduit de personnes suggère un raccourcissement de l’intervalle générationnel de Delta par rapport aux souches de référence (4 jours versus 6). Des données britanniques, canadiennes et de Singapour indiquent une augmentation du risque d’hospitalisation et de formes sévères en lien avec ce variant par rapport au VOC Alpha et autres souches de référence”, précise encore l’organisme.

Proportion variants coronavirus

© Santé publique France

Le variant Delta, aussi contagieux que la varicelle selon les autorités américaines

Dans des notes internes ayant fuité dans les médias américains, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), autorités de santé américaines, affirment que le variant Delta (B1617.2) du Sars-CoV-2 est aussi contagieux que la varicelle. 

Une déclaration qui peut étonner dans la mesure où le R0 de la varicelle, c’est-à-dire le nombre de personnes pouvant être contaminées par un individu malade, est compris entre 10 et 12, là où le R0 est a priori inférieur à 2 en France actuellement, alors que le variant Delta est désormais majoritaire. 

Si les CDC font ce constat, c’est sans doute parce qu’ils considèrent que, bien que les personnes vaccinées contractent rarement des formes graves, elles seraient aussi susceptibles que les non-vaccinées de transmettre le virus. 

Les documents partagés permettent ainsi en partie d’expliquer pourquoi la directrice des CDC, le Dr Rochelle Walensky, a déclaré que les américains vaccinés devaient de nouveau porter le masque à l’intérieur dans les zones à haut risque de contamination, c’est-à-dire qui compte au moins 50 nouveaux cas quotidiens pour 100 000 habitants sur sept jours.

Cette récente prise de décision découlerait notamment de données publiées dans le Morbidity and Mortality Weekly Report (MMWR),détaillant une vague de contamination survenue en juillet 2021 dans le comté de Barnstable, dans le Massachusetts. 469 cas ont été recensés, dont 346 (74%) chez des personnes complètement vaccinées. 79% des cas étaient symptomatiques, et le variant Delta a été mis en cause dans 90% de 133 échantillons prélevés. Cela dit, le vaccin semble donc bien diminuer le risque de décès, puisque si 4 patients vaccinés ont dû être hospitalisés, aucun décès n’a été signalé.

Les vaccins sont-ils efficaces contre les variants du coronavirus ?

L’efficacité des quatre vaccins disponibles en France contre le variant Alpha (anglais)  se confirme, comme l’a indiqué la Haute Autorité de santé dans un communiqué paru le 9 avril . Même son de cloche du côté de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS).

Qu’en est-il contre le variant Delta (indien) ?

“L’efficacité des vaccins à ARNm (Moderne et Pfizer/BioNTech) et du vaccin Vaxzevria® (AstraZeneca) sur la prévention des formes graves de Covid-19 est établie, y compris vis-à-vis du variant delta”, indique la Haute Autorité de Santé dans un avis publié le 9 juillet. Et de poursuivre : “les données recueillies en vie réelle au Royaume-Uni concernant le variant delta du SARS-CoV-2 montrent que l’efficacité vaccinale sur les formes graves est maintenue à un niveau élevé après un schéma de vaccination complet avec le vaccin Comirnaty® (Pfizer/BioNTech) ou le vaccin Vaxzevria® (AstraZeneca) en comparaison avec le variant alpha. L’efficacité observée sur les hospitalisations associées au variant delta est excellente, à plus de 90% après une vaccination complète pour chacun des deux vaccins. L’efficacité sur les formes peu symptomatiques et sur la transmission semble en revanche meilleure avec les vaccins à ARNm.

Quant au vaccinn Janssen, si les données actuellement disponibles sont très encourageantes, elles sont à ce stade insuffisantes pour conclure formellement à la conservation de l’efficacité du vaccin sur le variant delta. Dans un communiqué publié le 2 juillet, le laboratoire Johnson & Johnson a annoncé que des données à 8 mois montrent que son vaccin unidose “induit une forte réponse en anticorps neutralisants qui ne faiblit pas ; nous observons plutôt une amélioration au fil du temps”. Cette activité neutralisante des anticorps contre le variant Delta serait ” à un niveau encore plus élevé que ce qui a été récemment observé pour le variant Beta (B.1.351)”.

“Selon des données épidémiologiques préliminaires de Public Health England (PHE), le risque de réinfection par Delta serait supérieur par rapport à Alpha, observation concordante avec les études in vitro de neutralisation par des sérums de sujets convalescents”, indique toutefois Santé publique France dans son analyse de risque datée du 28 juillet.

Malgré certaines affirmations largement relayées sur les réseaux sociaux, les variants ne sont pas créés par les vaccins. Il suffit d’ailleurs de prendre l’exemple du variant britannique qui s’est propagé bien avant que la campagne de vaccination au Royaume-Uni ne commence, insiste l’Inserm. 

Pfizer indique qu’il n’est “pas encore” nécessaire d’adapter son vaccin aux variants

Le vaccin Comirnaty, développé contre la Covid par les laboratoires Pfizer/BioNTech n’a “pas encore” besoin d’être adapté aux nouveaux variants du coronavirus en circulation, a assuré le patron de BioNTech, Ugur Sahin, au cours d’une conférence de presse lundi 9 août.

“Ppour l’instant, nous savons qu’un rappel avec la formule de base est tout à fait suffisant”, a-t-il indiqué. En conséquence, “la meilleure approche pour gérer cette situation est de continuer avec une dose de rappel” afin de renforcer l’immunité octroyée par le vaccin. 

Et d’expliquer : “il est possible que dans les six à douze mois prochains, un variant émerge et requière l’adaptation du vaccin, mais ce n’est pas encore le cas […] Prendre une décision maintenant pourrait s’avérer erroné, si dans trois ou six mois, un autre variant domine“. 

Avoir été infecté par le coronavirus avant d’être vacciné serait gage d’une meilleur protection contre les variants 

Des chercheurs de l’Imperial College de Londres (étude parue vendredi 30 avril dans la revue Science ) ont comparé l’immunité de patients ayant contracté la Covid-19 dans les neuf mois précédant l’injection, et l’immunité des patients n’ayant jamais contracté la Covid-19, après administration d’une seule dose de vaccin. 

Leurs conclusions ? Les patients ayant déjà eu la Covid-19 ont une protection significativement améliorée contre les variantes anglais et sud-africain après une seule dose du vaccin à ARNm. Les scientifiques ont en effet découvert qu’après une première dose de vaccin, une infection antérieure était associée à une réponse renforcée des lymphocytes T, des lymphocytes B et des anticorps neutralisants, ce qui pourrait fournir une protection efficace contre le SRAS-CoV-2, ainsi que contre les variants du Kent et de l’Afrique du Sud. Cependant, les individus ayant contracté une forme modérée de la covid-19 avant la première dose de vaccin, la réponse en anticorps était beaucoup moins importante vis-à-vis du variant anglais ou sud-africain.

Inversement, chez les patients n’ayant jamais eu la Covid-19, la réponse immunitaire est moindre après une première dose de vaccin, les rendant potentiellement plus à risque d’être infectés par un variant. Les données recueillies indiquent que 90 % des personnes vaccinées n’ayant pas été infectées préalablement par le coronavirus n’ont “pas développé d’anticorps neutralisants détectables contre le variant anglais B.1.1.7 (après la première injection de vaccin)”. Un constat qui souligne l’importance du déploiement des secondes doses de vaccin à ARN messager.

“Notre étude est rassurante et constitue un avertissement. Nous montrons que les vaccins actuels offrent une certaine protection contre les variantes préoccupantes. Cependant, les personnes qui n’ont reçu que le premier cycle d’un vaccin à double dose présentent une réponse immunitaire plus atténuée “, prévient le Pr Áine McKnight, de l’Université Queen Mary de Londres.

Qu’est-ce qu’un variant ? Quels sont leurs nouveaux noms ?

Par définition, les virus mutent en permanence pour s’adapter aux hôtes qu’ils viennent  contaminer. Plus les virus se répandent et plus ils doivent muter afin de rester toujours “performants“. Mais lorsque les virus se multiplient dans les cellules, leur “recopiage” peut induire des changements de leur séquence génétique. On parle alors de “variants” ou de “souches variantes” pour désigner des souches virales sur lesquelles se sont fixées plusieurs mutations. 

Si ces mutations sont sans incidence la plupart du temps, certaines peuvent permettre aux virus de pénétrer plus facilement dans les cellules, de s’y multiplier plus vite et de devenir plus contagieux. Encore mal connus par la communauté scientifique, ces souches variantes du coronavirus pourraient mettre à mal l’immunité développée par les patients ayant déjà été contaminés par la Covid-19 et impacter l’efficacité des vaccins mis sur le marché. 

Quels sont les nouveaux noms des variants du SARS-CoV-2 ? 

L’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a décidé de simplifier l’appellation des variants du SARS-CoV-2 en leur donnant des noms de lettres grecques. Les noms scientifiques continueront d’exister, car ils fournissent des données utiles aux experts, mais l’OMS ne les utilisera plus dans sa communication quotidienne. L’idée est d’utiliser des noms “faciles à prononcer et à retenir”, mais aussi d’éviter que le grand public et les médias utilisent des appellations “stigmatisantes et discriminatoires” faisant référence au lieu où les premiers cas de variant ont été détectés, explique l’organisme dans un communiqué publié lundi 31 mai.

Nouvelle nomenclature variants OMS

© Santé publique France

Que sait-on du variant lambda, identifié au Pérou

Détecté en août 2020 au Pérou, le variant Lambda n’est pas encore considéré comme inquiétant par l’OMS. Il est toutefois présent dans 29 pays, selon un rapport de l’Organisation mondiale de la santé datant du 15 juin 2021. Ce variant Lambda “a été associé à des taux substantiels de transmission communautaire dans de multiples pays, avec une prévalence croissante dans le temps, parallèlement à l’augmentation de l’incidence du Covid-19″, indique le rapport.

Le 14 juin 2021, l’organisation a classé ce variant comme “variant d’intérêt”. Public Health England lui a emboîté le pas le 23 juin, le désignant comme “variant sous investigation”, en raison de son expansion mondiale et de la présence de plusieurs mutations notables. “La ‘combinaison inhabituelle’ des mutations portées par le variant Lambda fait notamment craindre à de nombreux scientifiques qu’il puisse être plus transmissible”, indique Tara Hurst, spécialiste en science biomédicale à la Birmingham City University, dans un article publié par The Conversation.

Le variant Lambda est-il plus dangereux que la souche originale ?

Actuellement, les preuves scientifiques disponibles pour répondre à cette question sont minces car aucune étude sur le variant Lambda n’a encore été réellement publiée, indique Tara Hurst. Deux études disponibles en preprint suggèrent que les vaccins actuellement utilisés resteront protecteurs contre le variant Lambda. “Le fait que ces deux études indiquent que la neutralisation par les anticorps est au moins partiellement conservée est prometteur, notamment parce qu’il ne s’agit que d’une des facettes de la réponse immunitaire induite par la vaccination”, indique la spécialiste.

Selon le dernier rapport d’évaluation des risques de Public Health England, en date du 8 juillet, le variant Lambda n’a pour l’heure supplanté le variant Delta dans aucun pays des pays où les deux variant circulent (mais les auteurs insistent sur la nécessité de surveiller attentivement la situation épidémiologique du Pérou et du Chili). 

Variant Alpha (20I/501Y.V1) : il peut contaminer les animaux

Signalé le 14 décembre 2020 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant 20I/501Y.V1 (variant Alpha), est apparu en Angleterre au mois de septembre 2020.  En France métropolitaine, le VOC Alpha ne représentait plus qu’environ 12 % des séquences interprétables lors de l’étude Flash #15 (13/07/21 – données préliminaires), indique Santé publique France dans une analyse de risque publiée le 28 juillet.

Plus contagieux, le variant anglais serait plus mortel

“Ce variant est associé à une transmissibilité accrue (de 43 à 90 %) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie, à un plus haut risque d’hospitalisation (40-64 %) et à une mortalité plus élevée (30-70 %)”, indique Santé publique France dans son bilan hebdomadaire du 29 avril. Selon une enquête publiée fin janvier 2021 par l’Office national des statistiques, cette  souche aurait en effet tendance à exacerber les symptômes “traditionnels” de la Covid-19 (toux, fatigue, courbatures). En revanche, la perte du goût (agueusie) et perte de l’odorat (anosmie) semblent moins fréquentes.

Une étude anglaise, publiée en mars 2021 dans le British Medical Journal, affirme que le variant anglais est entre 30 et 100% plus mortel que la souche historique du SARS-CoV-2. Les scientifiques ont comparé les taux de mortalité chez les personnes infectées par le variant anglais et celles infectées par d’autres souches, entre novembre 2020 et janvier 2021, lorsque le virus classique et ce nouveau variant étaient présents au Royaume-Uni. Cette analyse comparative a permis de constater que les personnes infectées par ce nouveau variant étaient 64 % plus susceptibles de mourir (une augmentation du nombre de décès de 2,5 à 4,1 sur 1 000 cas détectés). “Dans la communauté, la mort par infection Covid-19 est encore un événement rare, mais le variant anglais augmente le risque. En plus de sa capacité à se propager rapidement, cela fait de lui une menace à prendre au sérieux”, explique Robert Challen, chercheur et codirecteur de l’étude.

Chiens et chats peuvent être contaminés par le variant anglais

Le variant britannique du Sars-CoV-2, appelé B.1.1.7 a été détecté pour la première fois chez un chien et un chat issus du même foyer, dans le comté de Brazos, au Texas (États-Unis). Les deux animaux ont été testés le 12 février 2021, deux jours seulement après que leur propriétaire a lui-même été infecté et développé la Covid-19. Cette découverte intervient dans le cadre d’un projet de recherche en cours, mené par les autorités de santé américaines et des chercheurs texans. Ces derniers rapportent qu’aucun des deux animaux n’a montré de signe manifeste de la maladie au moment de leurs tests positifs, leur maître ayant simplement rapporté des éternuements intempestifs de son chien et de son chat. Les deux animaux se portent bien, a rapporté leur propriétaire. Il s’agit ici de la première découverte mondiale, ou du moins qui a été rapportée, de la présence du variant anglais du coronavirus chez un animal domestique.

Depuis juin 2020, plus de 450 animaux vivant dans la région du comté de Brazos (Texas) ont été testés pour le Sars-CoV-2 dans le cadre de l’étude “Texas A&M”. Tous vivent dans un ménage où au moins un humain a été testé positif au coronavirus. Sur plus de 60 animaux testés positifs, moins d’un quart ont présenté des symptômes au moment du diagnostic positif de leur propriétaire. Il s’agissait le plus souvent de toux, de diarrhées ou d’un état un peu léthargique. Tous les animaux symptomatiques se sont rétablis sans nécessité l’intervention d’un vétérinaire.

“Parce que ce virus peut se propager entre les humains et les animaux, il est important que les personnes atteintes de la Covid-19 restent à l’écart des animaux domestiques et des autres animaux, tout comme elles le font envers d’autres personnes, afin d’éviter la propagation de ce virus aux animaux” a déclaré dans un communiqué le Dr Casey Barton Behravesh, directeur du Bureau One Health du CDC, les autorités de santé américaines. En clair, l’application des gestes barrière vaut aussi pour les interactions humain-animal, en cas de test positif. On veillera notamment à bien se laver les mains avant de toucher et après avoir caressé son animal, et idéalement porter un masque pour éviter de le contaminer. Sur la base des informations disponibles à ce jour, le risque de transmission du coronavirus des animaux de compagnie vers l’homme est considéré comme faible

Que sait-on des variants 20I/484Q et 20I/484K, détectés au Royaume-Uni ?

Deux autres variants ayant émergé au Royaume-Uni début 2021 sont également présents en France : les variants 20I/484K et 20I/484Q. 

  • Le variant 20I/484K a émergé en France au mois de mars 2021. Des transmissions communautaires ont été identifiées en Bretagne, Île-de-France et Hauts-de-France à partir du mois d’avril 2021. Des cas sporadiques et des clusters de transmission limitée ont été rapportés dans d’autres régions également. “Il n’y a actuellement pas de signal d’une transmission communautaire plus large en France métropolitaine”, précise Santé publique France.
  • Le variant 20I/484Q est retrouvé dans de rares cas sporadiques en France, à l’exception de la Nouvelle-Aquitaine, où la circulation du VOC4 20I/E484Q a été déclarée comme communautaire en Gironde en juin 2021.

Que sait-on du variant Beta (20H/501Y.V2) ?

Le variant Beta,  20H/501Y.V2, a été détecté en Afrique du Sud au mois de décembre 2020. Les résultats des séquençages génétiques indiquent sa présence depuis le mois de novembre 2020. Sa présence semble régresser depuis le mois de juillet, avec une prévalence inférieure à 1 % lors de l’enquête Flash #15 (13/07/21 – données préliminaires), précise Santé publique France, au 28 juillet.

Ce variant repose sur la mutation E484K qui agit directement sur la protéine Spike. Problème, cette nouvelle version du virus semble diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps. Il provoque les mêmes symptômes que la version initiale du virus.

“Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50 % et un risque plus élevé d’échappement immunitaire et de réinfection. Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l’hôpital de l’ordre de 20 %. Ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire post-infection et post-vaccinale, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection”, indique Santé publique France.

Que sait-on du variant Gamma (20J/501Y.V3) ?

Identifié début février en France, le variant Gamma, 20J/501Y.V3, aurait émergé courant décembre 2020 à Manaus (Brésil). Comme le variant sud-africain, il présente la mutation E484K qui pourrait lui permettre d’échapper partiellement à la réponse immunitaire de l’organisme. Ce variant “semble circuler davantage depuis plusieurs semaines“, indique Santé publique France dans une analyse de risque publiée le 28 juillet. Il représente 2,5 % des prélèvements analysés lors de l’enquête Flash #15 (13/07/21 – données préliminaires).

“Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes (de 40 à 120 %). De plus, ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d’origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection”, précise Santé publique France.

L’impact de la vaccination sur ce variant est toujours à l’étude. Selon de premières données, ce variant brésilien présente deux mutations E484K et N501Y sur la protéine Spike. La première permettrait aux virus d’échapper aux anticorps lors d’une réinfection ou après une vaccination.

Où en est la diffusion des variants Beta et Gamma en France ?

Le variant Beta (20H/501Y.V2), identifié initialement en Afrique de Sud, est le variant majoritaire à La Réunion et circule sur le territoire métropolitain en restant à un niveau bas et stable (6,1 % lors de l’enquête Flash #11).

Le variant Gamma (20J/501Y.V3) est largement majoritaire en Guyane (prévalence supérieure à 90 % depuis plusieurs semaines), où la situation épidémiologique reste préoccupante.

Que sait-on du variant B.1.621 identifié en Colombie ?

Un variant colombien pourrait-il être responsable d’une nouvelle vague de l’épidémie de Covid-19 ? En Belgique, il a contaminé 21 résidents vaccinés d’une maison de repos. Sept pensionnaires sont décédés. “Il faut tenir compte du contexte particulier de ce cluster. Il est, en effet, difficile de contrôler la détresse respiratoire dans une unité comme celle-là. L’âge très avancé des patients a également joué un rôle. La personne la plus âgée qui est décédée avait 93 ans”, souligne Marc Van Ranst, virologue de la KU Leuve (Université catholique de Louvain.

Depuis le 26 mai dernier, le variant B.1.621 est classé “sous surveillance renforcée” par l’OMS même si, pour le moment, il n’est pas jugé comme préoccupant. Le variant B.1.621 a été détecté dans une trentaine de pays dans le monde dont la France, où 53 cas ont été recensés, dont 45 depuis le 21 juin dernier. À ce jour, les cas de ce variant représenteraient moins de 0,5% des cas enregistrés dans le monde.

Ce variant pourrait avoir des “propriétés d’échappement immunitaire similaires” et, ainsi, être donc plus résistant à l’immunité. “Rien ne prouve qu’il est en train de concurrencer le variant delta et il apparaît peu probable qu’il soit plus transmissible”, indique l’agence de santé britannique.

Pour lutter contre la propagation des variants, tout test (antigénique ou PCR) donnant lieu à un résultat positif fait obligatoirement l’objet d’une RT-PCR de criblage en seconde intention. “Ce second test permet de déterminer s’il s’agit d’un variant”, note la DGS (Direction générale de la santé). 

Les laboratoires utilisent un kit RT-PCR spécifique, capable de distinguer les mutations de la souche classique et des variants du coronavirus. Ils doivent en transmettre les résultats dans un délai inférieur à 36 heures aux laboratoires ayant réalisé le test premier test PCR.

À noter : si vous avez réalisé un test antigénique et qu’il s’avère positif, il vous faudra réaliser un second test PCR pour qu’il puisse faire l’objet d’un criblage. 

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Qu’advient-il si l’on est contaminé simultanément par deux variants du Sars-CoV-2 ?

Un article scientifique brésilien publié le 15 avril 2021 fait état d’un cas de contamination simultanée par deux variants du nouveau coronavirus, chez deux personnes. Une co-infection qui interroge quant à ce qui se produit dans l’organisme dans une telle configuration. Dans un article paru dans la revue The Conversation, Maitreyi Shivkumar, maîtresse de conférences en biologie moléculaire à l’Université De Montfort (Leicester, Angleterre), explique les tenants et aboutissants d’un tel cas de figure, lorsque l’organisme est simultanément infecté par deux variants différents du SARS-CoV-2.

“Dans l’étude brésilienne, les variants identifiés correspondaient à des lignées différentes qui avaient été précédemment détectées dans la population, impliquant une co-infection par les deux variants”, explique  Maitreyi Shivkumar, qui précise qu’”un autre cas de figure est celui d’une mutation du virus a posteriori chez le patient, après une infection.”

La spécialiste évoque aussi le phénomène de recombinaison, lorsque deux virus infectent une même cellules et échangent une partie de leur génome. Ce phénomène s’observe notamment pour la grippe, où de nouvelles variantes grippales sont générées par un mécanisme similaire appelé “réassortiment“. Les porcs, qui peuvent être infectés par différentes souches grippales, ont même été surnommés “réceptacles à mélanges”. “Le virus pandémique H1N1 de 2009 a émergé d’un réassortiment d’un virus de la grippe humaine, aviaire et porcine”, indique la biologiste. La capacité du sars-CoV- à infecter des cellules humaines viendrait elle-même d’un phénomène de recombinaison de la protéine de surface du virus entre des coronavirus étroitement apparentés et présents dans plusieurs réservoirs animaux.

Cela étant, pour qu’une recombinaison entre variants ait lieu, il faut que les deux variants infectent une même cellule. Or, il est tout à fait possible qu’une personne soit infectée par deux variants dans différentes parties du corps (exemple : les voies respiratoires supérieures et inférieures) et qu’elles n’interagissent pas entre elles. Enfin, la biologiste rassure : aucune donnée ne fait état de symptômes plus graves du fait d’une infection simultanée par plusieurs variants du coronavirus.

Dimanche 11 juillet, comme le rapporte Le Parisien, des chercheurs belges ont rapporté le cas d’une nonagénaire décédée en mars dernier de la Covid-19, après avoir été infectée simultanément par les variants Alpha (britannique) et Beta (sud-africain). Testée positive à son arrivée à l’hôpital, la nonagénaire présentait initialement “un bon niveau de saturation en oxygène et pas de signaux de détresse respiratoire”, indique un communiqué du Congrès européen de microbiologie clinique et maladies infectieuses (ECCMID). Toutefois, elle a “rapidement développé des symptômes respiratoires aggravés et est décédée cinq jours plus tard”. “Les deux variants circulaient en Belgique à l’époque (mars 2021), il est donc probable que la dame a été co-infectée par deux personnes différentes”, a indiqué la biologiste moléculaire Anne Vankeerberghen, auteure de l’étude, citée dans un communiqué. Et d’ajouter : “il est difficile de dire si la co-infection par deux variants a joué un rôle dans la rapide détérioration de l’état de la patiente“.

Quelles mesures de protection contre les variants ?

Un isolement obligatoire de 10 jours obligatoire pour les voyageurs arrivant de certains pays

Face aux variants de la Covid-19 dont la dangerosité inquiète, les mesures se durcissent en France concernant les voyages. Une liste de pays pour lesquels un isolement de 10 jours est obligatoire pour les passagers non vaccinés en provenance de ces pays, “quel que soit le résultat de leur test de dépistage obligatoire“, est régulièrement actualisée par les pouvoirs publics. Au 1 juillet, la liste comprend les pays suivants : Afghanistan, Afrique du Sud, Argentine, Bahreïn, Bangladesh, Bolivie ,Brésil, Chili, Colombie, Costa Rica, Inde, Maldives, Namibie, Népal, Oman, Pakistan, Paraguay, République démocratique du Congo, Russie, Seychelles, Sri Lanka, Suriname, Uruguay, Zambie et Guyane

Les contrôles de ces quarantaines sont renforcés. Avant leur embarquement, les passagers doivent déclarer à la compagnie aérienne leur lieu de quarantaine en France et fournir un justificatif attestant de l’existence de ce lieu (justificatif de domicile, réservation d’hôtel). Si ces justificatifs ne sont pas probants, la compagnie aérienne se réserve le droit de refuser l’embarquement au voyageur, a expliqué Gérald Darmanin. Ces justificatifs feront l’object d’un second contrôle à l’arrivée en France.

Les agents de l’assurance maladie sont chargés du suivi sanitaire de ces voyageurs. Une fois en quarantaine, ils ne peuvent sortir qu’entre 10 h et 12h et peuvent faire l’objet de contrôle à tout moment par les policiers ou les gendarmes. Le non respect de cette mesure peut entraîner une amende de 1 000 à 1 500 euros.

Aérer davantage les espaces intérieurs

Le Conseil supérieur de la Santé belge a diffusé un avis mi-février dans lequel il recommande de ventiler davantage les espaces intérieurs afin de lutter efficacement contre les variants du SARS-CoV-2 : “Afin de réduire ce risque, il est important de ventiler suffisamment le local avec de l’air neuf (50 à 80 m³ par heure et par personne). Si cela n’est pas possible, le port d’un masque est également primordial à l’intérieur, même si la distance physique est respectée. La recirculation de l’air est déconseillée, bien que cela ne soit pas toujours possible sur le plan technique, ni compatible avec la gestion énergétique.”.

Pour savoir si le local est suffisamment aéré, l’instance belge rappelle l’efficacité d’un moniteur de CO2 : “Le taux de CO2 de l’air ambiant est un indicateur indirect du niveau de ventilation. Il est préférable de le maintenir aussi bas que possible, et certainement en-dessous de 800 ppm. Si le taux est plus élevé, des mesures correctives s’imposent : augmenter la ventilation et/ou réduire le nombre de personnes présentes dans la pièce. À titre de référence, la concentration de CO2 dans l’air extérieur s’élève à environ 400 ppm”. Une précision, le Conseil supérieur de la Santé précise que ces recommandations s’appliquent tout particulièrement aux voitures ou aux transports publics pour lesquels il convient de couper la climatisation et d’ouvrir les fenêtres pour obtenir un apport d’air neuf.

Isolement de 10 jours pour les malades et 7 jours pour les cas contacts

En France, le ministère de la Santé a également décidé de renforcer certains dispositifs lors d’une contamination par variants. Afin de limiter au maximum la circulation du virus, le ministère de la Santé donne la priorité à la mise en œuvre d’un isolement précoce et bien respecté :

  • tous les malades doivent rester isolés pendant 10 jours
  • tous les cas contacts doivent rester isolés pendant 7 jours. 

“Les personnes contacts à risque et les personnes suspectées ou confirmés d’avoir fait l’objet d’une contamination par un variant doivent faire l’objet d’un suivi renforcé. Les visites à domicile par des infirmiers sont systématiquement proposées et les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation doivent se voir systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement”, indique le ministre de la Santé . 

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Dans le cadre du contact-tracing, l’Assurance maladie indique au patient s’il est potentiellement porteur d’une variante et de laquelle. Il est demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque. Il est également recommandé de renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes, de télétravailler dès lors que cela est possible

Dès leur identification, les contacts à risque des personnes porteuses d’un variant sud-africain ou brésilien doivent bénéficier d’un test PCR pour réaliser un criblage permettant de détecter si eux aussi sont porteurs du variant. En cas de test négatif, il faut tout de même respecter un isolement de 7 jours depuis le dernier contact à risque puis réaliser un nouveau test PCR à l’issue de ces 7 jours.

À noter : les personnes ayant un schéma vaccinal complet ne sont plus considérées comme des cas contacts à risque élevé (communiqué de la DGS, 27 juillet 2021).

Quel comportement adopter à l’issue des dix jours d’isolement ? 

Pour les cas positifs, en l’absence de fièvre depuis plus de 48h, la levée de l’isolement est conditionnée à l’obtention d’un résultat de test négatif. Ce test sera réalisé lors d’une visite infirmière. Si le test est positif, l’isolement est prolongé de 7 jours après le résultat.

Pour éviter que les variants ne deviennent plus résistants, l’importance de maintenir les gestes barrières

Bien que les campagnes de vaccination contre le COVID-19 progressent de jour en jour dans le monde, une nouvelle étude parue dans la revue « Nature Scientific Reports » met en garde les personnes enclines à l’assouplissement des restrictions, comme le port du masque et la distanciation sociale. Cette habitude pourrait en effet augmenter considérablement le risque d’émergencede nouveaux variants résistants aux vaccinsà un moment où toute la population n’est pas encore vaccinée. Pour prédire comment le virus SARS-CoV-2 pourrait muter en réponse aux campagnes de vaccination, une équipe d’experts européens a simulé la probabilité d’émergence d’une souche résistante au vaccin dans une population de 10 millions de personnes sur trois ans.

Les variables prises en compte comprenaient les taux de vaccination et celui de mutation et de transmission du virus, y compris les « vagues » récurrentes d’infections et les baisses du nombre de cas en réponse à l’instauration de restrictions (confinements, etc.). Sans surprise, l’étude de modélisation a montré qu’un taux de vaccination rapide réduit le risque d’émergence d’une souche résistante. Mais dans ce que les auteurs ont appelé un “résultat contre-intuitif”, l’étude montre aussi que le risque le plus élevé d’émergence de souches résistantes survenait lorsqu’une grande partie de la population est vaccinée, mais pas assez pour assurer l’immunité collective. Et c’est à partir d’un seuil de 60% de population vaccinée que ce phénomène qualifié de « pression de sélection » est plus susceptible de se produire.

C’est pourquoi l’équipe scientifique estime que ces recherches mettent en évidence la nécessité de maintenir des mesures de précaution anti-COVID autres que le vaccin jusqu’à ce que tout le monde soit vacciné et donc immunisé. « Nous espérons que la résistance au vaccin n’évoluera pas au cours de cette pandémie, mais nous appelons à la prudence. L’évolution est une force très puissante et le maintien de quelques précautions raisonnables tout au long de la période de vaccination peut en fait être un bon outil pour la contrôler. » Concrètement, les chercheurs appellent les décideurs politiques comme la population à maintenir des « interventions non pharmaceutiques et des comportements de réduction de la transmission » tout au long de la période de vaccination, jusqu’à son terme.

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